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学校医の基本的職務は、「学校医は、学校における保健管理に関する専門的事項に関し、技術及び指導に従事する」（学校保健安全法第23条第4項）に基づき、「学校には、学校医を置くものとする」とされており、同条第４項には、学校医は「学校における保健管理に関する専門事項に関し、技術及び指導に従事する」とあります。その職務執行の準則は学校保健安全法施行規則第22条に以下のとおり示されています。
　1）学校保健計画および学校安全計画の立案に参与すること
　2）学校の環境衛生に関する必要な指導と助言
　3）健康相談
　4）保健指導
　5）定期健康診断および臨時健康診断
　6）その事後措置に基づく疾病予防の処置等
　7）感染症および食中毒に関する指導・助言および予防処置
　8）校長の求めにより救急処置に従事すること
　9）区市町村教育委員会および学校の設置者の求めによる就学時の健康診断、職員の
健康診断に従事すること
　10）その他、学校健康管理に関する指導（健康教育を含む）に従事すること

具体的な内容としては、児童生徒および教職員の健康相談・保健指導。定期健康診断は、内科、眼科、耳鼻科、歯科の各先生が協力実施しています。小学校に入学する前の「就学時健康診断」は小学校の校医の大切な役割です。その他、学校でのインフルエンザや胃腸炎などの感染症の流行した場合の助言を行います。インフルエンザの流行の際の学級閉鎖の学校への助言なども大事な役割です。

それぞれの先生は、自身のクリニックでの日常の診療が非常に多忙の中、学校医を担っています。